Sui voli diretti alle Isole Baleari, Isole Canarie, nei Balcani, Croazia, Francia, Bulgaria, Spagna, Italia, Capo Verde, Grecia, Turchia, Malta, Cipro, Gambia, l'Egitto e il Portogallo continentale, la tariffa Economy Class non include la possibilità di imbarcare gratuitamente bagagli mentre la tariffa Economy Plus permette di fatturare una valigia di massimo 25 kg.
Per i voli verso Asia, Africa orientale, Africa del Sud, Caraibi, America centrale, oceano indiano e Sud America, la tariffa Economy Class include una valigia di massimo 20 kg; la classe Premium, uno bagaglio di massimo 25 kg. Per i voli verso gli Stati Uniti, Portorico e Canada, la tariffa Economy Class consente di trasportare in stiva una valigia di massimo 23 kg; e la classe Premium, una di massimo 32 kg. Per i voli in partenza dal Brasile, le tariffe Economy Class e Premium Class includono 2 colli di massimo 32 kg.
Le misure consentite per il bagaglio imbarcato con Thomas Cook Airlines sono 158 cm (lunghezza + larghezza + altezza) e nessun collo dovrebbe superare i 32 kg di peso. È possibile acquistare i bagagli tramite il sito web o telefonando all'assistenza clienti. Se la prenotazione del bagaglio da imbarcare viene effettuata in anticipo, il prezzo può essere fino al 50% inferiore rispetto all’acquisto di questo servizio in aeroporto.